
И что странно, с Установка и удаление программ все нормально:

Как и с установкой программ:

Настройка и перенастройка через kdesu systemsettings не помогает. В чем может быть проблема?
П.С. Оказалось, после копирования настроек обычного пользователя в рут, почему то настройки GTK этого самого обычного пользователя, скинулись. А обновление системы использует настройки как раз таки обычного пользователя, так как запускается без пароля. Стоило настроить GTK у обычного юзера заново, все заработало.