/usr/bin/synfig - это не synfig studio, это сама утилита synfig, работающая в консоли. Запускаемый файл Synfig Studio - это /usr/bin/synfigstudio (и пакет называется "synfigstudio", если что). У меня из консоли нормально запустился.
Надо будет, конечно, до версии 1.0 обновиться. Пока руки не дошли.